Le concept de continuité écologique s'articule autour de 2 axes fondamentaux :

Permettre le passage des sédiments et des espèces

Les rivières et les cours d’eau permettent le passage de nombreux éléments : particules en suspension dans l’eau, sables, graviers, fragments de végétation, bois morts, organismes vivants, etc. De cette manière, l’amont et l’aval des bassins versants sont reliés. Pour les organismes capables de remonter le courant, ils permettent aussi les déplacements de l’aval vers l’amont du bassin.

Le passage des cailloux, graviers, sables et limons est qualifié de transit sédimentaire. Il permet le transfert de sédiments depuis des “zones de production” - l’amont des bassins, fortement soumis à l’érosion - vers des “zones de dépôt”, qui se trouvent à l’aval. La force du courant y devient trop faible pour transporter les éléments, qui se déposent alors dans le lit de la rivière. Ce fonctionnement est d’une grande importance pour la forme des milieux aquatiques, notamment des cours d’eau. Il contribue par ailleurs au maintien des stocks de sédiments sur les littoraux (plages, dunes, vasières, etc.).

La libre circulation des organismes vivants est nécessaire aux poissons comme aux autres espèces des milieux aquatiques pour se déplacer dans le réseau hydrographique, et ainsi évoluer entre les différents habitats dont ils ont besoin pour s’alimenter, s’abriter et se reproduire. Les poissons migrateurs amphihalins (c’est-à-dire dont le cycle de vie a lieu à la fois en mer et en eau douce), comme les saumons par exemple, sont les plus dépendants de cette possibilité.

Transit sédimentaire et libre-circulation des espèces constituent la continuité écologique. Au delà des cours d’eau qui constituent l’axe migratoire privilégié, tous les milieux aquatiques et humides y participent. Garantir la continuité écologique est important à la fois pour la morphologie des milieux aquatiques et pour la biodiversité.

Des obstacles à l’écoulement des eaux

De nombreux aménagements réalisés dans les milieux aquatiques pour permettre ou faciliter les activités humaines ont pour effet d’interrompre la libre circulation des organismes et des sédiments.

Les aménagements réalisés en travers des cours d’eau sont appelés ouvrages transversaux : barrages, retenues, écluses, seuils, etc. De taille et de hauteur très variables, ils représentent selon les cas des obstacles de quelques centimètres à plusieurs dizaines de mètres. Plus de 100 000 de ces obstacles à l’écoulement sont recensés en France dans le ROE (référentiel des obstacles à l’écoulement), dont environ un millier en Outre-mer. Par ailleurs, certains aménagements comme les ouvrages de franchissement du réseau routier peuvent aussi provoquer des ruptures de continuité. Par exemple, les buses de franchissement peuvent provoquer une chute d’eau infranchissable pour les poissons.

Les ouvrages latéraux sont les aménagements construits en bordure des milieux aquatiques, généralement pour limiter les inondations : digues, levées, protections de berge, etc. Ils n’interrompent pas directement l’écoulement de l’eau, mais empêchent les débordements lors des crues ou des périodes de hautes eaux. Ces aménagements isolent ainsi une partie du lit majeur d’une rivière ou d’un fleuve, ce qui limite la continuité entre le cours d’eau et les milieux annexes.

Outre les aménagements, d’autres situations peuvent provoquer une fragmentation des habitats. Par exemple, le manque d’eau est susceptible de déconnecter certains habitats entre eux, parce qu’il abaisse la ligne d’eau et provoque parfois des ruptures d’écoulement. Le manque d’eau peut résulter d’une sécheresse ou de prélèvements d’eau trop importants